电影《千年之后的千年》设定在一个遥远的未来，地球因未知灾难而荒废，人类不得不寻找新的生存空间。在千年的探索与流浪后，一个由幸存者组成的探险队意外发现了一处隐藏的古老遗迹，遗迹中似乎蕴藏着关于地球往昔的秘密，以及人类未来的线索。

随着探险队深入遗迹，他们逐渐发现这里不仅保存着高度发达的科技，还隐藏着一个惊人的真相——地球灾难的根源竟然与人类自身的行为有关。同时，遗迹中的智能系统也被激活，它开始与探险队进行交流，试图引导他们找到拯救人类的新方法。

在揭开历史谜团的过程中，探险队成员们不得不面对内心的挣扎与选择，他们的命运与地球的未来紧密相连。最终，他们是否能够找到拯救人类的希望，揭开千年之谜，成为影片的高潮所在。